J'ai sauvegardé mes fichiers et j'ai modifié ces quelques lignes. Dans le fichier conf/blog_conf.php ligne 46, un « ? » remplace le second « / » :

$cf_blog_url = '/index.php/;
$cf_blog_url = '/index.php?';

Dans le fichier inc/lib.mod.php ligne 47 :

if (preg_match('/^'.str_replace('/','\/',$blog_url).'(.*)$/',$_SERVER['REQUEST_URI'],$match)) {
if (preg_match('/^'.str_replace('?','\?',str_replace('/','\/',$blog_url)).'(.*)$/',$_SERVER['REQUEST_URI'],$match)) {

Dans le fichier layout/prepend.php ligne 40 :

$dotclear_uri = preg_replace('|[^/]+/$|','',$cf_blog_url).$app_path;
$dotclear_uri = preg_replace('|[^/]+\[/?]$|','',$cf_blog_url).$app_path;

Et pour réglé le problème du chemin vers le thème, dans le fichier layout/prepend.php ligne 73, mettre le chemin relatif du dossier à la place de l'instruction PHP :

$theme_uri = $dotclear_uri.'themes/';
$theme_uri = '/themes/';

Voilà, merci aux bidouilleurs qui ont trouvé ces astuces. Maintenant, les commentaires fonctionnes, les adresses permanentes des billets et les liens « lire la suite » quand il y a un chapeau. Ouf !